Česká atlantická komise vznikla v roce 1993 jako pokračovatel Československého atlantického klubu (1992) reprezentující po sametovém převratu zejména občanský zájem české veřejnosti nejen o vojenskou bezpečnost státu, ale i touhu po pevném zakotvení naší znovu nabyté svobody v euroatlantických hodnotách západní kultury, jako garance naší tisícileté evropské kulturní tradice.

Jejím spoluzakladatelem a prvním předsedou se stal JUDr. Jiří Štěpanovský, CSc. (1925 – 2017) a ředitelem PhDr. Jiří Hýbner. Při svém založení dostala (po holandském vzoru) název Česká atlantická komise. V dalších letech byl předsedou Komise  významný český politik a pozdější ministr zahraničních věcí ČR pan Karel Schwarzenberg. Od roku 2002 ČAKO vede její současný prezident a generál Doc. JUDr. Pavel Bílek, Ph.D., Dr. h. c.

Právní forma občanského sdružení byla po změně občanského zákona transformována na zapsaný spolek – z.s.

Význam České atlantické komise se zásadně projevil hlavně v letech před a při vstupu České republiky do Severoatlantické aliance. Dnešní poslání a priority ČAKO jsou zformulovány v Doktrinální ústavě ČAKO (viz tento dokument).